HalfsibBV

林木半同胞子代测定育种值计算分析R语言程序包HalfsibBV 1.0

王德源( wcndy2007@163.com);童春发( tongchf@njfu.edu.cn)
南京林业大学林学院林木遗传与生物技术重点实验室
2015/5/10

HalfsibBV是用于计算平衡或不平衡数据条件下林木多地点和单地点半同胞子代测定育种值等遗传参数的R语言程序包,主要针对以下两种遗传统计模型。

多地点模型: \(f\)个家系,布置在\(s\)个地点进行试验,每个地点设置\(b\)个区组,每小区若干个单株,可得单株育种值计算分析的线性模型为: \[ y_{ijkl}=\mu+S_i+SB_{ij}+A_{ijkl}+SF_{ik}+SBF_{ijk}+e_{ijkl} \]

其中,\(A_{ijkl}\)即为第\(i\)个地点下第\(j\)个区组里第\(k\)个家系内第\(l\)个单株的育种值。\(y_{ijkl}\)为第\(i\)个地点第\(j\)区组中第\(k\)个家系的第\(l\)个个体的数量性状观测值,\(mu\)为总体平均值;\(S_i\)为第\(i\)个地点的效应,\(SB_{ij}\)为第\(i\)个地点下第\(j\)个区组的效应,\(SF_{ik}\)为第\(i\)个地点与第\(k\)个家系的交互效应,\(SBF_{ijk}\)为第\(i\)个地点内第\(j\)个区组与第\(k\)个家系的交互效应,\(e_{ijkl} \)为随机误差效应。
单地点模型: \(f\)个家系,在某一个地点设置\(b\)个区组进行子代试验,每小区若干个单株,则单株育种值计算分析的线性模型为: \[ y_{ijk}=\mu+B_i+A_{ijk}+BF_{ij}+e_{ijk} \] 其中,\(A_{ijk}\)即为第\(i\)个区组里第\(j\)个家系内第\(k\)个单株的育种值,其他符号同多地点模型。

对于以上两种子代测定遗传模型的平衡和非平衡数据,HalfsibBV使用混合线性模型,主要采用限制性极大似然法(REML)和最佳线性无偏预测法(BLUP)分别对遗传方差分量、遗传力以及家系和子代个体的育种值进行统计分析。对于多个数量性状,给出了任意两个性状在各效应水平上的遗传相关系数及其标准误。程序包、示例数据及使用说明可免费下载使用:

*     HalfsibBV 1.0 for Windows 

*     HalfsibBV 1.0 for Linux 

*     Example data 

*     Manual